Die Geschichte dieser Anlage reicht bis in die Entstehungszeit der Magdeburger Altstadt zurück. Seitdem der Ort für den erzbischöflichen Baumgarten genutzt wurde, ist die Anlage laut Überlieferungen nur noch als Freifläche genutzt worden. Somit ist der Garten der Möllenvogtei die älteste Freianlage der Stadt.
Der Name Möllenvogtei stammt aus der Mitte des 15. Jahrhunderts und bezieht sich auf eine dort befindliche Mühle und den in der Nähe wohnenden erzbischöflichen Vogt. Die erstmalige Erwähnung des Vogteigartens stammt aus dem Jahr 1377, als die Magdeburger Bürger hinter der Möllenvogtei einen kleinen Hafen anlegen mussten, damit der Erzbischof einen eigenen Hafen zur Verfügung hatte.
Im Westen der Anlage befindet sich das einzige noch erhaltene Stadttor Magdeburgs. Es wurde 1493 errichtet, nach dem ein Vorgängerbau abgerissen wurde. Der Hafen verfiel in der folgenden Zeit, er wird in historischen Quellen oft als Sumpf erwähnt, auf dem Stadtplan des Otto von Guericke aus dem Jahr 1632 ist der Hafen bereits von der Stadtmauer umschlossen und besitzt keine Ausfahrt mehr.
Nach der Einrichtung des Königreichs Westphalen ging der Garten 1810 (als Teil der Stiftsfreiheit) an den Magdeburger Magistrat.
Nach Sanierungsarbeiten im letzten Jahrzehnt erfreut sich die grüne Anlage inmitten der Stadt stetigen Zulaufs, z. B. durch Open-Air-Theateraufführungen.