Eine erste massive Brücke am Ort der heutigen Zollbrücke bestand seit dem Jahr 1828. Seit dem Mittelalter wurden in dem Gebiet eine Vielzahl von Brücken errichtet, da sich die Gewässer und Nebenarme der Elbe bis zum 18. Jahrhundert oft veränderten.
Die Bauarbeiten zur Errichtung der heutigen dreibogigen Brücke begannen im Jahr 1879. Fertiggestellt wurde die Zollbrücke im Jahr 1882. Die Brücke wurde massiv aus Ziegelsteinen in Zementmörtel errichtet und mit Sandsteinquadern verblendet. Die Gesamtlänge der Zollbrücke beträgt 43,6 Meter, ihre Pfeiler sind zwischen 3 und 3,3 Meter dick und die Weiten Bögen messen jeweils 10, 17,50 und 10 Meter. Die Brückenbreite zwischen den Brüstungen ist 13,54 Meter. sollten. Als natürliche Barriere bot die Elbe der Stadt einen Schutz Richtung Osten. In die Zollbrücke waren daher Vorrichtungen integriert, die im Kriegsfall eine Sprengung ermöglichen.
Die Brücke wurde mit vier allegorischen von Emil Hundrieser geschaffenen Figuren geschmückt, welche die Säulen der WIrtschaft für Schifffahrt, Handel, Industrie und Landwirtschaft darstellen. Auch die Balustrade ist eine Arbeit Hundriesers. An den Außenseiten der Brückenpfeiler wurden auf der Nordseite die Wappen der Hansestädte Magdeburg, Hamburg und Brandenburg (Havel) sowie der Stadt Altona und auf der Südseite die der Städte Leipzig, Dresden und Prag sowie der Hansestadt Berlin angebracht.
Die an den Stirnseiten eingesetzten Schlusssteine zeigen in der Mitte Merkur und Kilian, an den Seiten Najaden. Die ursprünglich auf der Brücke aufgestellten Figuren waren nach mehr als 100 Jahren weitgehend verwittert und mussten entfernt werden. 2006/2007 wurden nach alten Vorlagen neue Figuren geschaffen, die wieder Platz auf der Brücke gefunden haben.
